Das Wort Apotheke kommt aus dem lateinischen „apotheca“. So bezeichneten viele Klöster im 9.Jahrhundert Aufbewahrungsräume für Heilmittel, die sie aus eigenen Heilkräuterbeständen hergestellt hatten. Der eigentliche  Apothekerberuf wurde 1241 n. Chr. ins Leben gerufen. Da erließ der Stauferkaiser Friedrich II eine Medizinalordnung. Diese trennte die bei dahin vereinten Berufe von Arzt und Apotheker. Die Medizinalordnung, obwohl eigentlich nur für Sizilien gedacht wurde schnell zum Vorbild für ganz Europa. Kernpunkt der Verordnung war das Verbot für Ärzte geschäftliche Verbindungen mit Apothekern zu pflegen. Mögliche Konkurrenzsituationen sollten so vermieden werden. Relativ lange Zeit regelten die Städte das Apothekenwesen. In Norddeutschland waren Apotheker in der Regel städtische Angestellte und Apotheken städtische Betriebe, oft Ratsapotheken genannt. In Süddeutschland waren es überwiegend privat betriebene Apotheken. Apotheken des 13 Jahrhunderts darf man sich allerdings nicht so vorstellen wie heute. Damals wurden gleichzeitig mit Heilkräutern noch Gewürze und Drogen verkauft. Die Herstellung der Heilmittel übernahmen aber oft noch fliegende Händler. Im Laufe des 14.Jahrhundert wandelt sich dies jedoch. Die Apotheken bekamen oft eine Werkstatt, offizin genannt, in der die Apotheker die Heilmittel selber herstellten. Im Laufe der nächsten Jahrhunderte wurde das Apothekenwesen immer mehr ausgebaut, Apotheker besuchten medizinische Vorlesungen und die Labore der Apotheke wurden auch Stellen der Forschung. Im 19. Jahrhundert wird in Deutschland die Universitätsausbildung für Apotheker verpflichtend.(1898 werden auch Frauen für das Studium zugelassen)